Powstanie rezerwatu miało za zadanie ochrone populacji roślin i zwierzat,które sa rzadko spotykane oraz ochrone tych bardziej powszechnych w naszym środowisku Dzieki Rezerwatowi"Szachownica"możliwe było także zachowanie form krasowych na obszarze Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej.Wraz z funkcjonowaniem rezerwatu powstały różne zagrożenia niesprzyjajace ochronie gatunkowej i form krasowych, a nawet istnieniu rezerwatu. Są to bardzo trudne do rozwiązania problemy,ponieważ wraz z czasem ilość zagrożen wzrasta oraz nasila sie intensywność już istniejących.Zagrożenia rezerwatu wzrastają wraz z rozwojem techniki i nasileniem zanieczyszczen atmosferycznych.
Zagrożenia rezerwatu mozna podzielić za wzgledu na pochodzienie.
Dzielimy ja na:
* Zagrożenia antropogeniczne- to odzialujące negatywnie na zdrowotność ekosystemów leśnych uboczne skutki działalności czlowieka. Najszerzej oddziałującym czynnikiem antropogenicznym są zanieczyszczenia powitrza atmosferycznego a także gleb i wód w wyniku skażeń emitowanych głównie przez przemysł energetyczny, transport i gospodarke komunalna.Do pozostałych zagrożeń tego typu należa pozary lasów,błędy gospodarki leśnej(np.schematyzm i nadmierne uproszczenie struktury drzewostanów, zaniedbania w pielęgnacji).Jednym ze współczesnych bardzo groźnym dla rezerwatu zagrożeniem pochodzenia antropogenicznego jest ingerencja ludzka w nature, zasmiecanie lasu prze ludzi i wandalistyczne niszczenie srodowiska, form krasowych(poprzez popisanie farbami) itp. Poprzez takie zachowania w rezerwacie mozna spotkac śmieci ,ktore zostawiaja turysci oraz miejscowa mlodziez po spacerach czy wycieczkach. Takie zachowania sa bardzo naggane, a ludzie opominani sa o szanowanie środowiska. Zachowania te mogą prowadzić do pożaru czy zmiane pH gleby.
* Zagrożenia Biotyczne - są czynnikiem bedace efektem odziaływania organizmów żywych.Do typowych zagrożeń biotycznych należą: choroby grzybowe(ponadto: bakteryjne i wirusowe),szkodniki owadzie,niektore kregowce np.zwierzęta łowne,ptaki,gryzonie myszowate.Oddziaływanie tych czynników sprzyja osłabieniu kondycji zdrowotnej drzewostanów tworząc czesto korzystne warunki do rozwoju gradacji,czyli masowych pojawów szkodniwych owadów. Owady zdolne do zaatakowania i znisczenia aparatu asymilacyjnego zdrowych drzew określane jest przez leśników mianem szkodników pierwotnych (boreczniki, brudnica mniszka,barczatka sosnowa,strzygonia choinówka).
Czynnikiemi osłabiającymi kondycję zdrowotną drzew,poza żerami szkodników pierwotnych są tez susze, uszkodzenia popożarowe,uszkodzeia spowodowane przejścierm huraganowych wiatrów. Osłabione drzewa tworzą doskonałą bazę lęgową dla calego zespołu szkodników owadzich okreslanych jako szkodniki wtórne.Do najgroźniejszych szkodników wtórnych należą: cetyńce, korniki, przypłaszczek granatek.
Choroby powodowane prze grzyby patogenne przynosza poważne uszkodzenia w drzewostanach. Straty te polegają na zabijaniu lub osłabianiu pojedyńczych drzew lub fragmentów drzewostanów.
Zagrożeniem o specyficznym charakterze dla lasów sa wystepujące w nadmiarze populacje dużych sssaków roślinożernych ( jelenie, łosie,sarny).Wyrządzone szkody polegają na zgryzaniu młodych upraw .osmykiwaniu i spałowaniu drzew.
