System jaskiniowy Szachownicy tworzy pięć proglacjalnych jaskiń powstałych w wapieniach górnej jury, oddzielonych wyrobiskiem kamieniołomu. Stanowiły one pierwotnie jeden obiekt podziemny, zniszczony w trakcie eksploatacji wapienia, prowadzonej przez okolicznych mieszkańców do 1962 roku.
Prace podziemne, towarzyszące eksploatacji kamienia, rozszerzyły do znacznych rozmiarów naturalne korytarze, naruszając równowagę górotworu i powodując powstanie zagrożenia częściowym lub nawet całkowitym zawałem części sztucznie poszerzonej. Sytuacja ta dotyczy w szczególności jaskini Szachownica I oraz Szachownica II. Obserwowane w jaskiniach bardzo intensywne procesy dezintegracji górotworu, przejawiające się m.in. odpadaniem skał ze stropu i ścian, potęgowane są naturalnymi procesami przemarzania oraz zjawiskami krasowymi. Obecnie obiekt traktowany jest jako jeden system jaskiniowy o sumarycznej długości 1 000 m, który przed zniszczeniem przekraczał prawdopodobnie 2 km.
Najdłuższa z jaskiń - Szachownica I - o długości około 600 m, jest jedną z najdłuższych na Wyżynie Krakowsko-Wieluńskiej. Drugim pod względem wielkości obiektem podziemnym jest jaskinia Szachownica II, która osiąga prawie 200 m długości. Korytarze jaskiń rozgałęziają się i przecinają pod kątem prostym, tworząc charakterystyczną siatkę pól, przypominającą szachownicę.
Jaskinie ostoi są jednym z największych zimowisk nietoperzy w Polsce. Zróżnicowanie warunków klimatycznych oraz niezliczona liczba dogodnych kryjówek sprawiają, że co roku hibernuje tu ponad 1 000 nietoperzy, reprezentujących 10 gatunków. Liczenia zimujących nietoperzy prowadzone od roku 1981, wskazują na stały, lecz niewielki wzrost ich liczby. Na szczególną uwagę zasługują coroczne notowania dwóch gatunków nocków, uznanych w Polsce za rzadkie i zagrożone oraz figurujących w załączniku II Dyrektywy Siedliskowej. Dla nocka Bechsteina oraz nocka łydkowłosego, Szachownica jest jednym z największych zimowisk w kraju. Ponadto, od kilu lat stale rośnie liczba hibernujących w jaskini mopków. W styczniu 2002 roku odnotowano obecność co najmniej 404 osobników. Poza gatunkami ostojowymi, w jaskini tej zimują: gacek brunatny, nocek wąsatek/nocek Brandta, nocek rudy, nocek Natterera oraz mroczek późny. Zagrożeniem dla hibernujących w jaskini nietoperzy jest niekontrolowana penetracja obiektu przez turystów i grotołazów.
Jaskinia Szachownica. Jaskinia położona w rezerwacie Szachownica na Wyżynie Wieluńskiej. Obecnie J. Szachownica podzielona jest na Szachownicę I, II, III, IV i V. Obecnie stanowi ona fragment większego kompleksu jaskiniowego, który został zniszczony przez powstały we wzgórzu kamieniołom. Można sądzić, że długość jaskini (w stanie pierwotnym - jednej) musiała znacznie przekraczać 2 km. Gdyby ten kompleks ocalał można by sądzić, że była to największa znana dziś próżnia skalna na Jurze. Jaskinia ta jest zarazem jedną z największych osobliwości geologicznych gdyż powstała ok. 10,5 tys. lat temu w wyniku rozmycia wapiennego wzgórza znajdującego się na kierunku odpływu topniejącego lądolodu zlodowacenia środkowopolskiego - czyli odmiennie niż wszystkie jaskinie Jury.
J. Szachownica I to duża jaskinia, która zawdzięcza swoje pochodzenie sieci spękań w wapiennej skale, poszerzonych później przez wody polodowcowe. Prawie połowa ocalałego fragmentu Szachownicy I nosi piętno eksploatacji górniczej, w której wyniku zniszczono wiele mniejszych ciągów korytarzy, zamieniając je w duże sale. Zachwiano tym sposobem statykę górotworu, co w przyszłości może spowodować zawały lub obrywy stropów.
System jaskiniowy Szachownicy został odsłonięty w trakcie eksploatacji kamienia. Wyrobisko kamieniołomu przecina Krzemienną Górę w kierunku północ-południe na długości 150 m, pasem szerokości 50 m. Eksploatacja spowodowała zniszczenie znacznej części korytarzy. W chwili obecnej znajduje się tu pięć oddzielnych jaskiń, które dla łatwiejszego rozróżnienia oznaczono kolejnymi numerami od I do V. Największa z nich jest Szachownica I, o długości korytarzy 600 m. Szachownica II, położona w zachodniej ścianie kamieniołomu, liczy 200 m długości. Pozostałe (III - V) to małe fragmenty systemu w południowej części kamieniołomu. Do jaskiń prowadzi 12 otworów usytuowanych w ścianach kamieniołomu oraz pionowa studnia z wierzchowiny. Naturalne korytarze systemu Szachownicy maja przebieg poziomy. Ich przekrój poprzeczny przeważnie przypomina soczewkę, niekiedy z wyraźnie zaznaczoną rynną denną. Korytarze przecinają się pod kątem zbliżonym do prostego, tworząc oryginalną siatkę - stąd nazwa jaskini. System szerokich korytarzy w Szachownicy I powstał w wyniku podziemnej eksploatacji kamienia w korytarzach jaskini. Ta forma wydobycia umożliwiała uzyskanie materiału bez konieczności zdejmowania nadkładu. Intensywne prace przekształciły duży fragment jaskini w szerokie na 10-15 metrów korytarze, przez co znaczna część próżni (łącznie 250 m korytarzy) zatraciła całkowicie pierwotny charakter. Eksploatacja trwała tutaj do roku 1962 r.
Jedyną występującą w systemie Szachownicy formą naciekową są niewielkie grzybki. W ścianach jaskini odsłaniają się liczne skamieniałe zwierzęta budujące jurajskie skały: amonity, belemnity, nagromadzenia gąbek, a także struktury stromatolitowe. Dno sal i korytarzy w częściach poszerzonych przez eksploatację pokryte jest dużymi blokami i gruzem wapiennym. W częściach naturalnych miejscami występuje namulisko piaszczyste. Szachownica utworzona została przez wody topniejącego lodowca (jaskinia proglacjalna). W systemie Szachownicy stwierdzono świeże obrywy skał oraz wyraźne ugięcia ławicy stropowej w sztucznie powstałych korytarzach. Niewielki nadkład, wymarzanie - stwarzają niebezpieczeństwo odpadania bloków skalnych od stropu.
Wejście do Szachownicy II jest zerodowane do tego stopnia iż przypomina niedbale poukładaną konstrukcję z klocków. Oparcie lub otarcie się o nią powoduje kamienną lawinę. Należy wiec zachować dużą ostrożność w czasie zwiedzania. W jaskini stwierdzono masowe zimowanie nietoperzy. (Znajdujący się na tym terenie rezerwat chroni głównie właśnie nietoperze)
Poznanie systemu jaskiń Szachownicy zawdzięczamy A. Wierzbowskiemu, który natrafił nań w 1972 roku; on tez zaproponował nazwę. Wzgórze wraz z systemem jaskiń zostało w 1978 r. uznane za rezerwat przyrody pod nazwa "Szachownica".
